日本では西表島と石垣島のみで確認されている。吻が尖り、逆立ち状態で基質裏面に静止する。自然性の高い河川の下流域に生息。農地造成、河川開発、河川流量減少による河床形態の変化、上流域の富栄養化、土砂流出による水質汚濁等のため生息環境が悪化し個体数が減少している。業者やマニアの動向に厳重な注意が必要である。

環境省　レッドデータブック”ヤエヤマノコギリハゼ”　より引用