日本では西表島と石垣島のみで確認されている。エソハゼ（S. roxasi）とは斑紋で区別できる。自然性の高い河川の中流域に生息する。上流域の富栄養化、河川流量減少による河床形態の変化、土砂の流出による河床の埋没、土砂流出による水質汚濁等により生息環境が悪化し個体数が減少している。
