西表島と沖縄島のみに分布する日本固有種。従来より日本固有渓流性ハゼ類のうちでもっとも個体数が少ない種類の一つ。道路整備、水量の減少による河床浄化機能の低下、土砂流出による水質汚濁等の人為的営為による生息環境悪化のため個体数が減少している。業者やマニアの動向に厳重な注意が必要である。
体長は雌雄ともに約５cm。吻が丸く口はその下面に開く。眼は大きく、頭部側面に位置する。胸鰭上に小黒色斑点が散在する。オスは頭が輝青緑色で緑がかった黄金色の体に数条の暗色横帯がある。第１背鰭は鎌状に伸長しない。尾鰭に数条の黒色点列がある。メスの体は透明感のある淡褐色で、２本の黒色縦線があり、１本は吻から体側中央を通り尾鰭基底に向かい、もう１本は眼後方から背面に沿って尾柄上縁に達する。ナンヨウボウズハゼ（S. percnopterygionus）のメスも同様の色斑を持ち、水中で両者を識別することはきわめて困難である。
