西表島、石垣島、沖縄島および奄美大島のみに分布する日本固有種。日本に分布するハゼ類のうちでもっとも急流部に生息する種類の一つ。形態も流水適応しており、頭部下面が平坦化している。森林伐採、河川改修、ダム建設、道路整備・橋脚工事による土砂の流出、飲料水採取による水量の減少、土砂流出による水質汚濁等の人為的営為のため生息環境が悪化し個体数が減少している。業者やマニアの動向に厳重な注意が必要である。

体長は雌雄ともに約５cm。頭部下面が平たく、その横断面は蒲鉾型に近い。この傾向はとくにメスにおいて著しい。オスの体後半の鱗には大きな棘をともなう鱗がある。オスの体色は透明感のある褐色で第２背鰭下方に暗色の幅広い横帯がある。吻は鮮やかな水色、腹部は輝青色で２～３本の細い黒色横線がある。第２背鰭にはその前端付近に一眼状斑があり縁辺部は白色である。メスは鰭が透明で、吻から尾鰭基底にかけて不規則に途切れる縦線とその上方に雲状斑がある。

環境省　レッドデータブック”ヨロイボウズハゼ”　より引用