大阪府、香川県と九州中北部のみに分布する日本固有亜種。平野部の護岸されていない水路、小型河川ないしは溜池といった自然性の高い止水域ないしは緩流域に生息する。かつて瀬戸内平野では広く見られたが、別亜種であるタイリクバラタナゴ（R. o. ocellatus）との競合ならびに交雑により、大阪府と香川県の山麓部のわずかな溜池を除き全滅した。現在、大阪府と香川県においては溜池の管理放棄により生息環境が悪化しており、また小集団化にともなう遺伝的多様性の消失と近親交配による遺伝的劣化が問題となっている。九州中北部ではタイリクバラタナゴの影響はまだそれほど顕著ではないが、河川改修、水質悪化により本亜種の分布は縮小し、個体数も減少しつつある。

体は側扁し体高は高く輪郭は菱形に近い。口髭はない。全長は最大で約５cm近くになり、約１年で成熟する。寿命は約２年。側線は不完全で側線有孔鱗数は０～５、鰭条数は背鰭分岐軟条が９～12、臀鰭分岐軟条が９～12。肩部に斑紋を持たないが、体側上に暗青色の縦帯が存在する。未成魚では背鰭前縁に明瞭な黒斑が認められるが、オスの場合、成熟にともない消失する。産卵期にはオスでは体全体が赤褐色を帯び、腹部外縁と腹鰭は黒色となる。メスは婚姻色の代わりに白色の長い産卵管が伸張する。近縁種であるタイリクバラタナゴとは、側線有孔鱗数（タイリクバラタナゴは２～７）、腹鰭前縁部の白色帯の有無、婚姻色（タイリクバラタナゴは虹白色）によりある程度区別が可能であるが、西日本の各地においてニッポンバラタナゴとの交雑が進んでおり、両者の識別には注意を要する。

環境省　レッドデータブック”ニッポンバラタナゴ”　より引用